Orochimaru et son acolyte

Dans le manga Naruto, Orochimaru apparaît dès l'examen chūnin mettant en jeu tous les aspirants ninjas (genins) de tous les villages. Il est l'un des trois ninjas légendaires Sannin du village de Konoha, avec Jiraya et Tsunade.Il est devenu méchant après le meurtre de ses parents commandité par Konoha. Il a déserté le village après la nomination du 4e hokage, et en veut au 3e hokage au point de tenter de le tuer pour ne pas l'avoir nommé à la place. Il a entraîné Anko Mitarashi, la responsable de la seconde épreuve de l'examen ninja. Devenu maître dans l'art des techniques interdites, il constitue l'un des ninjas des plus dangereux et également des plus crains notamment dut à ses expériences pratiqués sur des corps humains .

Durant les 3 années qui suivent, Orochimaru entraîne Sasuke, et avec Kabuto, ils voyagent d'une cachette à l'autre pour éviter d'être facile à retracer. En effet, ils sont non seulement recherchés par des villages tels que Konoha ou Suna, mais également par l'organisation criminelle à laquelle Orochimaru avait précédemment adhéré, Akatsuki.

Il réapparaît lorsqu'il veut affronter son ancien collègue (et l'ancien maître de Kabuto), Sasori. Trompé par Yamato, il affronte Naruto qui se transforme en Kyubi à 4 queues avant de repartir avec Sai.

Après un duel contre Naruto (ayant sorti les quatre queues de Kyubi) avec qui il fait jeu égal, Sai lui fait miroiter l'espoir de reprendre sa guerre contre Konoha en lui apportant des informations primordiales sur les forces spéciales de Konoha et la garde rapprochée de l'Hokage. Il lui propose également une alliance avec Danzo, mais Orochimaru étant lui-même un maître en tromperie devine anguille sous roche. Après la disparition de Kabuto, il découvre Sai avec Naruto et tente de leur faire peur, mais plutôt que de chercher l'affrontement il demande à Naruto d'éliminer d'autres membres de l'Akatsuki avant de disparaître .

Il réalise ensuite qu'ils en voulaient à Sasuke, et après avoir sauvé Kabuto, ils rejoignent le jeune homme pour disparaître avec lui et se rendre à une autre de leurs cachettes.Entre temps Orochimaru continue d'entrainer Sasuke mais plus le temps passe et plus ce dernier s'affaiblit . Dans le chapitre 344 on apprend que le vrai corps d'Orochimaru est un serpent blanc (il a fait des expériences sur son propre corps et chaque écaille est une tête de serpent blanc) d'après le Sandaime Hokage ses parents se seraient réincarnés aussi. Bien que battu par Sasuke, Orochimaru n'est pas complètement mort mais emprisonné dans le corps de Sasuke, piégé dans la propre dimension qu'il avait créé pour réaliser les transferts de son esprit vers de nouveaux corps. Son pouvoir s'est révélé inefficace face au Sharingan de Sasuke, qui garde donc le contrôle de son propre corps. Bien que Sasuke arrivera à le vaincre, il ne faut pas oublier de mentionner qu'Orochimaru était mourant à ce moment et il est possible que si il était en pleine forme, il aurait pu vaincre Sasuke, vu son extraordinaire puissance.

Kabuto se présente sous l'apparence d'un jeune homme de 19 ans aux cheveux gris. Il est à l'origine un jeune survivant ennemi qui fut recueillit et élevé par le chef des ninjas médecins de Konoha après la sanglante bataille du col des campanules. C'est un espion à la solde d'Orochimaru et son fidèle bras droit. Sa première apparition dans la série remonte à l'examen chūnin, dont il se retire à la dernière épreuve, pour préserver sa couverture (il en était à sa 6e participation et a accumulé de nombreuses informations sur les participants qu'il conserve sur des cartes que lui seul peut lire, grâce à son chakra). Il n'y a participé que pour récupérer des informations sur l'équipe de Naruto Uzumaki et surtout sur Sasuke Uchiwa, dont Orochimaru veut faire son prochain hôte. Son maître le dit du même niveau que Kakashi Hatake, à qui il révèle son identité.

Auparavant, Kabuto était l'homme de main de Sasori qui l'avait envoûté avec un puissant jutsu. Lors du départ d'Orochimaru de l'organisation Akatsuki, Sasori envoya Kabuto comme agent double chez Orochimaru mais celui-ci libéra Kabuto de l'emprise de son ex-camarade.

Suite à l'attaque menée par Orochimaru contre Konoha, il est le seul compagnon restant du sannin. Il l'aidera à retrouver Tsunade pour guérir ses bras, mais elle n'acceptera pas de les aider. Un combat suivra son refus, durant lequel Kabuto mettra en échec Tsunade, ainsi que Shizune et Naruto arrivés en renfort. C'est cependant Orochimaru qui portera un coup quasi fatal à Tsunade. Lorsqu'ils perdront l'aide de Manda, Orochimaru et Kabuto diparaîtront finalement dans leur antre.

Lorsque Orochimaru envoie les 4 ninjas du Son chercher Sasuke, Kabuto apprendra certains détails concernant l'Akatsuki. Réalisant le temps que prend Sasuke à revenir, il amènera Kimimaro à effectuer un dernier sacrifice pour son maître. De façon très subtile, il l'enverra combattre une dernière fois pour aider Orochimaru à récupérer son futur hôte.

Dans la seconde partie, Kabuto réapparaît lorsque Yamato se déguise en Hiruko (la marionnette principale de Sasori). Sous prétexte de lui donner des informations, il le rencontre sur le Pont du Monde et Orochimaru engage le combat. Kabuto évite de se battre directement, et va même jusqu'à guérir Sakura (à distance, ce qui n'avait jamais été vu auparavant). Il immobilise Sai en le croyant menaçant, mais va ensuite repartir avec lui et Orochimaru pour retourner à leur base d'opération. Kabuto utilise ses techniques pour ralentir leurs ennemis, en leur faisant croire qu'il a tué Sai.

Sai va cependant révéler qui il est vraiment en capturant Kabuto lorsque son équipe commence l'infiltration de la base. Il sera vraisemblablement sauvé par Orochimaru avant qu'ils aillent chercher Sasuke pour repartir dans une autre cachette. On ne sait pas donc la vraie personnalité de Kabuto, que cherche-t-il auprès d'Orochimaru, car a travers les épisodes on peut s'apercevoir que Kabuto est bien plus malin qu'Orochimaru. Orochimaru est malade (il souffre à cause des tranferts de son âme dans plusieurs corps) et Kabuto s'occupe de lui. On apprend dans le chapitre 343 que Sasuke veut tuer Orochimaru parce qu'il est devenu plus fort que lui (peut-être pour mesure sa puissance comme l'a fait Itachi) mais finalement il l'a emprisonné dans une dimension alternative. Sasuke part de la cachette et Kabuto reste; après on n'entend plus parler de lui.